PubMed

PubMed est un moteur de recherche gratuit accédant principalement à la base de données MEDLINE de références et de résumés sur les sciences de la vie et les sujets biomédicaux. La Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (NLM) des National Institutes of Health gère la base de données dans le cadre du système de recherche d’ informations Entrez . ^[1]

PubMed

Contacter
Centre de recherche	Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (NLM)
Date de sortie	janvier 1996 ; il y a 26 ans ( 1996-01 )
Accéder
Site Internet	pubmed .ncbi .nlm .nih .gov

De 1971 à 1997, l’accès en ligne à la base de données MEDLINE s’est fait principalement par le biais d’installations institutionnelles, telles que les bibliothèques universitaires . ^[2] PubMed, publié pour la première fois en janvier 1996, a inauguré l’ère de la recherche MEDLINE privée, gratuite, à domicile et au bureau. ^[3] Le système PubMed a été offert gratuitement au public à partir de juin 1997. ^[2]

Teneur

En plus de MEDLINE, PubMed donne accès à :

• références plus anciennes de la version imprimée de l ‘ Index Medicus , remontant à 1951 et avant
• références à certaines revues avant leur indexation dans Index Medicus et MEDLINE, par exemple Science , BMJ et Annals of Surgery
• entrées très récentes dans les enregistrements d’un article avant qu’il ne soit indexé avec Medical Subject Headings (MeSH) et ajouté à MEDLINE
• une collection de livres disponibles en texte intégral et d’autres sous-ensembles d’enregistrements NLM ^[4]
• Citations PMC
• Bibliothèque NCBI

De nombreuses notices PubMed contiennent des liens vers des articles en texte intégral, dont certains sont disponibles gratuitement, souvent dans PubMed Central ^[5] et des miroirs locaux, tels que Europe PubMed Central . ^[6]

Les informations sur les revues indexées dans MEDLINE et disponibles via PubMed se trouvent dans le catalogue NLM. ^[7]

Au 27 janvier 2020 ^{[mettre à jour]}, PubMed compte plus de 30 millions de citations et de résumés remontant à 1966, sélectivement à l’année 1865 et très sélectivement à 1809. À la même date ^{[mettre à jour]}, 20 millions d’enregistrements de PubMed sont répertoriés avec leurs résumés, et 21,5 millions de notices ont des liens vers des versions en texte intégral (dont 7,5 millions d’articles sont disponibles en texte intégral gratuitement). ^[8] Au cours des 10 dernières années (jusqu’au 31 décembre 2019), près d’un million de nouveaux enregistrements en moyenne ont été ajoutés chaque année. Environ 12 % des notices de PubMed correspondent à des entrées liées au cancer, qui sont passées de 6 % dans les années 1950 à 16 % en 2016 ^. ” (8,39 %) et “infection” (5 %).^{citation nécessaire ]}

En 2016, NLM a modifié le système d’indexation afin que les éditeurs puissent corriger directement les fautes de frappe et les erreurs dans les articles indexés PubMed. ^[dix]

Il a été rapporté que PubMed incluait des articles publiés dans des revues prédatrices. Les politiques MEDLINE et PubMed pour la sélection des revues à inclure dans la base de données sont légèrement différentes. Les faiblesses des critères et des procédures d’indexation des revues dans PubMed Central peuvent permettre aux publications de revues prédatrices de fuir dans PubMed. ^[11]

Les caractéristiques

Conception de site Web

Une nouvelle interface PubMed a été lancée en octobre 2009 et a encouragé l’utilisation de telles formulations de recherche rapides, de type Google ; elles ont également été décrites comme des recherches de “télégrammes”. ^[12] Par défaut, les résultats sont triés par Plus récent, mais cela peut être changé en Meilleure correspondance, Date de publication, Premier auteur, Dernier auteur, Journal ou Titre. ^[13]

La conception et le domaine du site Web PubMed ont été mis à jour en janvier 2020 et sont devenus par défaut le 15 mai 2020, avec les fonctionnalités mises à jour et nouvelles. ^[14] Il y a eu une réaction critique de la part de nombreux chercheurs qui utilisent fréquemment le site. ^[15]

PubMed pour les ordinateurs de poche/mobiles

PubMed/MEDLINE est accessible via des appareils portables, en utilisant par exemple l’ option “PICO” (pour les questions cliniques ciblées) créée par le NLM. ^[16] Une option “PubMed Mobile”, donnant accès à une version simplifiée et adaptée aux mobiles de PubMed, est également disponible. ^[17]

Recherche

Recherche standard

Des recherches simples sur PubMed peuvent être effectuées en saisissant les aspects clés d’un sujet dans la fenêtre de recherche de PubMed.

PubMed traduit cette formulation de recherche initiale et ajoute automatiquement des noms de champs, des termes MeSH (Medical Subject Headings) pertinents, des synonymes, des opérateurs booléens, et « emboîte » les termes résultants de manière appropriée, améliorant considérablement la formulation de recherche, notamment en combinant systématiquement (en utilisant le OR opérateur) des mots de texte et des termes MeSH.

Les exemples donnés dans un tutoriel PubMed ^[18] montrent comment fonctionne ce processus automatique :

Causes Le somnambulisme est traduit par (“étiologie”[Sous-titre] OU “étiologie”[Tous les champs] OU “causes”[Tous les champs] OU “causalité”[Termes MeSH] OU “causalité”[Tous les champs]) ET (“somnambulisme “[MeSH Terms] OR “somnambulism”[All Fields] OR (“sleep”[All Fields] AND “walking”[All Fields]) OR “sleep walking”[All Fields])

De même,

La prévention de l’aspirine d’attaque douce est traduite par (“infarctus du myocarde” [Termes MeSH] OU (“myocarde” [Tous les champs] ET “infarctus” [Tous les champs]) OU “infarctus du myocarde” [Tous les champs] OU (“cœur” [Tous les champs] Champs] ET “attaque”[Tous les champs]) OU “crise cardiaque”[Tous les champs]) ET (“aspirine”[Termes MeSH] OU “aspirine”[Tous les champs]) ET (“prévention et contrôle”[Sous-titre] OU (“prévention”[Tous les champs] ET “contrôle”[Tous les champs]) OU “prévention et contrôle”[Tous les champs] OU “prévention”[Tous les champs])

Recherche complète

Pour des recherches optimales dans PubMed, il est nécessaire de comprendre son composant principal, MEDLINE, et en particulier le vocabulaire contrôlé MeSH (Medical Subject Headings) utilisé pour indexer les articles MEDLINE. Ils peuvent également nécessiter des stratégies de recherche complexes, l’utilisation de noms de champs (balises), une utilisation appropriée des limites et d’autres fonctionnalités ; les bibliothécaires de référence et les spécialistes de la recherche offrent des services de recherche. ^{[19] [20]}

La recherche dans la fenêtre de recherche de PubMed n’est recommandée que pour la recherche de sujets non équivoques ou de nouvelles interventions qui n’ont pas encore de rubrique MeSH créée, ainsi que pour la recherche de marques commerciales de médicaments et de noms propres. Il est également utile lorsqu’il n’y a pas de titre approprié ou que le descripteur représente un aspect partiel. La recherche à l’aide du thésaurus MeSH est plus précise et donnera moins de résultats non pertinents. De plus, cela évite l’inconvénient de la recherche en texte libre dans laquelle les différences d’orthographe, singulier/pluriel ou abrégé doivent être prises en considération. En revanche, les articles plus récemment intégrés à la base de données auxquels des descripteurs n’ont pas encore été attribués ne seront pas retrouvés. Ainsi, pour garantir une recherche exhaustive,^[21]

Paramètres d’article de revue

Lorsqu’un article de revue est indexé, de nombreux paramètres d’article sont extraits et stockés sous forme d’informations structurées. Ces paramètres sont : le type d’article (termes MeSH, par exemple, “essai clinique”), les identifiants secondaires (termes MeSH), la langue, le pays de la revue ou l’historique de publication (date de publication électronique, date de publication de la revue imprimée).

Type de publication : requêtes cliniques/revues systématiques

Le paramètre de type de publication permet de rechercher par type de publication , y compris les rapports de divers types de recherche clinique. ^[22]

ID secondaire

Depuis juillet 2005, le processus d’indexation des articles MEDLINE extrait les identifiants du résumé de l’article et les place dans un champ appelé Identifiant secondaire (SI). Le champ d’identification secondaire sert à stocker les numéros d’accès à diverses bases de données de données de séquence moléculaire, d’expression génique ou de composés chimiques et d’ID d’essais cliniques. Pour les essais cliniques, PubMed extrait les identifiants des essais pour les deux plus grands registres d’essais : ClinicalTrials.gov (identifiant NCT) et le registre international standard des numéros d’essais contrôlés randomisés (identifiant IRCTN). ^[23]

Voir également

Une référence jugée particulièrement pertinente peut être marquée et des “articles apparentés” peuvent être identifiés. Le cas échéant, plusieurs études peuvent être sélectionnées et des articles liés à chacune d’entre elles peuvent être générés (sur PubMed ou l’une des autres bases de données NCBI Entrez) à l’aide de l’option “Rechercher les données associées”. Les articles connexes sont ensuite répertoriés par ordre de « connexité ». Pour créer ces listes d’articles connexes, PubMed compare les mots du titre et du résumé de chaque citation, ainsi que les titres MeSH attribués, à l’aide d’un puissant algorithme de pondération des mots. ^[24] La fonction « articles connexes » a été jugée si précise que les auteurs d’un article ont suggéré qu’elle pouvait être utilisée à la place d’une recherche complète. ^[25]

Mappage vers MeSH

PubMed établit automatiquement des liens vers les termes et sous-titres MeSH. Exemples : « mauvaise haleine » renvoie à (et inclut dans la recherche) « halitose », « crise cardiaque » à « infarctus du myocarde », « cancer du sein » à « néoplasmes du sein ». Le cas échéant, ces termes MeSH sont automatiquement “développés”, c’est-à-dire qu’ils incluent des termes plus spécifiques. Des termes comme “nursing” sont automatiquement liés à “Nursing [MeSH]” ou “Nursing [Subheading]”. Cette fonctionnalité s’appelle Auto Term Mapping et est activée, par défaut, dans la recherche de texte libre, mais pas dans la recherche de phrases exactes (c’est-à-dire en entourant la requête de recherche de guillemets doubles). ^[26] Cette fonctionnalité rend les recherches PubMed plus sensibles et évite les résultats faux négatifs (manqués) en compensant la diversité de la terminologie médicale. ^[26]

PubMed n’applique pas le mappage automatique du terme dans les circonstances suivantes : en écrivant la phrase citée (par exemple, “allogreffe rénale”), lorsqu’elle est tronquée sur l’astérisque (par exemple, allogreffe rénale *) et en regardant avec des étiquettes de champ (par exemple, Cancer [ti]). ^[21]

Mon NCBI

La fonction facultative PubMed “My NCBI” (avec inscription gratuite) fournit des outils pour

• enregistrement des recherches
• filtrage des résultats de recherche
• mise en place de mises à jour automatiques envoyées par e-mail
• enregistrer des ensembles de références récupérées dans le cadre d’une recherche PubMed
• configuration des formats d’affichage ou mise en évidence des termes de recherche

et un large éventail d’autres options. ^[27] L’espace “Mon NCBI” est accessible depuis n’importe quel ordinateur disposant d’un accès Internet. Une version antérieure de “My NCBI” s’appelait “PubMed Cubby”. ^[28]

Lien sortant

LinkOut est une installation NLM pour relier et mettre à disposition les fonds de revues locales en texte intégral. ^[29] Quelque 3 200 sites (principalement des institutions universitaires) participent à cette installation NLM (en mars 2010 ^{[mettre à jour]}), de l’Université d’Aalborg au Danemark à ZymoGenetics à Seattle. ^[30] Les utilisateurs de ces institutions voient le logo de leur institution dans le résultat de la recherche PubMed (si la revue est détenue dans cette institution) et peuvent accéder au texte intégral. Link out est consolidé avec Outside Tool à partir de la mise à jour majeure de la plate-forme à venir à l’été 2019. ^[31]

PubMed Commons

En 2016, PubMed permet aux auteurs d’articles de commenter les articles indexés par PubMed. Cette fonctionnalité a été initialement testée en mode pilote (depuis 2013) et a été rendue permanente en 2016. ^[32] En février 2018, PubMed Commons a été interrompu en raison du fait que “l’utilisation est restée minime”. ^{[33] [34]}

demanderMEDLINE

askMEDLINE, un outil de requête en texte libre et en langage naturel pour MEDLINE/PubMed, développé par le NLM, également adapté aux ordinateurs de poche. ^[35]

Identifiant PubMed

Un PMID (identifiant PubMed ou identifiant unique PubMed) ^[36] est une valeur entière unique , commençant à 1, attribuée à chaque enregistrement PubMed. Un PMID n’est pas la même chose qu’un PMCID (identifiant PubMed Central) qui est l’identifiant de tous les travaux publiés dans PubMed Central en libre accès . ^[37]

L’attribution d’un PMID ou d’un PMCID à une publication n’indique rien au lecteur sur le type ou la qualité du contenu. Les PMID sont attribués aux lettres à l’éditeur , aux opinions éditoriales, aux colonnes d’opinion et à tout autre article que l’éditeur choisit d’inclure dans la revue, ainsi qu’aux articles évalués par des pairs. L’existence du numéro d’identification ne constitue pas non plus une preuve que les documents n’ont pas été retirés pour fraude, incompétence ou faute. L’annonce de toute correction apportée aux articles originaux peut se voir attribuer un PMID.

Chaque numéro entré dans la fenêtre de recherche PubMed est traité par défaut comme s’il s’agissait d’un PMID. Par conséquent, toute référence dans PubMed peut être localisée à l’aide du PMID.

Interfaces alternatives

MEDLINE est l’une des bases de données accessibles via PubMed. Plusieurs entreprises offrent un accès à MEDLINE via leurs plateformes.

La National Library of Medicine loue les informations MEDLINE à un certain nombre de fournisseurs privés tels que Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder et de nombreux autres fournisseurs commerciaux, non commerciaux et universitaires. ^[38] En octobre 2008 ^{[mettre à jour]}, plus de 500 licences avaient été délivrées, dont plus de 200 à des fournisseurs en dehors des États-Unis. Comme les licences d’utilisation des données MEDLINE sont disponibles gratuitement, le NLM fournit en fait un terrain d’essai gratuit pour un large éventail ^[39] d’interfaces alternatives et d’ajouts de tiers à PubMed, l’une des très rares grandes bases de données organisées par des professionnels qui offre cela. option.

Lu ^[39] identifie un échantillon de 28 versions Web actuelles et gratuites de PubMed, ne nécessitant ni installation ni enregistrement, qui sont regroupées en quatre catégories :

1. Classement des résultats de recherche, par exemple : eTBLAST ; Medline Ranker ; ^[40] MiSearch ; ^[41]
2. Regroupement des résultats par sujets, auteurs, revues, etc., par exemple : Anne O’Tate ; ^[42] Cluster Med ; ^[43]
3. Améliorer la sémantique et la visualisation, par exemple : EBIMed ; ^[44] MedEvi. ^[45]
4. Amélioration de l’interface de recherche et de l’expérience de récupération, par exemple, askMEDLINE ^{[46] [47]} BabelMeSH ; ^[48] ​​et PubCrawler. ^[49]

Comme la plupart de ces alternatives et d’autres reposent essentiellement sur les données PubMed / MEDLINE louées sous licence du NLM / PubMed, le terme «dérivés de PubMed» a été suggéré. ^[39] Sans avoir besoin de stocker environ 90 Go d’ensembles de données PubMed originaux, n’importe qui peut écrire des applications PubMed à l’aide de l’interface du programme eutils-application comme décrit dans “The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More”, par Eric Sayers , doctorat. ^[50] Divers générateurs de format de citation, prenant les numéros PMID en entrée, sont des exemples d’applications Web utilisant l’interface du programme eutils-application. Des exemples de pages Web incluent Citation Generator – Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator – Ultrasound of the Week , PMID2cite etCitez ceci pour moi .

Exploration de données de PubMed

Des méthodes alternatives pour exploiter les données dans PubMed utilisent des environnements de programmation tels que Matlab , Python ou R . Dans ces cas, les requêtes de PubMed sont écrites sous forme de lignes de code et transmises à PubMed et la réponse est ensuite traitée directement dans l’environnement de programmation. Le code peut être automatisé pour effectuer systématiquement des requêtes avec différents mots-clés tels que maladie, année, organes, etc. ^[9 ]

Les données accessibles par PubMed peuvent être mises en miroir localement à l’aide d’un outil non officiel tel que MEDOC. ^[51]

Des millions d’enregistrements PubMed complètent divers ensembles de données ouvertes sur le libre accès , comme Unpaywall . Les outils d’analyse de données tels que Unpaywall Journals sont utilisés par les bibliothèques pour aider aux annulations importantes : les bibliothèques peuvent éviter les abonnements pour des documents déjà servis par un accès ouvert instantané via des Archives ouvertes comme PubMed Central. ^[52]

Voir également

• Centre PubMed
• Europe PubMed Centrale
• PubMed Centre du Canada
• JournalReview.org
• Liste des bases de données académiques et des moteurs de recherche

Références

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Liens externes

Wikidata a la propriété : PubMed ID (P698) (voir utilisations )

• Site officiel
• Balises de recherche et qualificatifs de champ PubMed