Infection

Une infection est l’invasion des tissus de l’organisme d’un organisme par des agents pathogènes , leur multiplication et la réaction des tissus de l’ hôte aux agents infectieux et aux toxines qu’ils produisent. ^[1] Une maladie infectieuse , également appelée maladie transmissible ou maladie transmissible , est une maladie résultant d’une infection.

Infection
Micrographie électronique en fausses couleurs montrant un Sporozoïte du paludisme migrant à travers l’ épithélium de l’ intestin moyen d’un rat
Spécialité	Maladies infectieuses
causes	bactérien , viral , parasitaire , fongique , prion

Les infections peuvent être causées par un large éventail d’ agents pathogènes , principalement des bactéries et des virus . ^[2] Les hôtes peuvent combattre les infections en utilisant leur système immunitaire . Les hôtes mammifères réagissent aux infections par une réponse innée , impliquant souvent une inflammation , suivie d’une réponse adaptative .

Les médicaments spécifiques utilisés pour traiter les infections comprennent les antibiotiques , les antiviraux , les antifongiques , les antiprotozoaires , ^[3] et les antihelminthiques . Les maladies infectieuses ont entraîné 9,2 millions de décès en 2013 (environ 17 % de tous les décès). ^[4] La branche de la médecine qui se concentre sur les infections est appelée maladie infectieuse . ^[5]

Les types

Les infections sont causées par des agents infectieux (agents pathogènes ), notamment :

• Bactéries (par exemple Mycobacterium tuberculosis , Staphylococcus aureus , Escherichia coli , Clostridium botulinum et Salmonella spp.)
• Virus et agents apparentés tels que les viroïdes . (Par exemple , le VIH , les rhinovirus , les lyssavirus tels que le virus de la rage , le virus Ebola et le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 )
• Champignons , subdivisés en :
  • Ascomycota , y compris les levures telles que Candida (l’ infection fongique la plus courante ); les Champignons filamenteux tels que Aspergillus ; espèces Pneumocystis ; et les dermatophytes , un groupe d’organismes provoquant une infection de la peau et d’autres structures superficielles chez l’homme. ^[6]
  • Basidiomycota , y compris le genre Cryptococcus pathogène pour l’homme . ^[7]
• Les parasites , qui sont généralement divisés en : ^[8]
  • Organismes unicellulaires (par exemple paludisme , Toxoplasma , Babesia )
  • Macroparasites ^[9] ( vers ou helminthes ), y compris les nématodes tels que les vers ronds et les oxyures parasites , les ténias (cestodes) et les douves ( Trématodes , tels que les Schistosomes ). Les maladies causées par les helminthes sont parfois appelées infestations, mais sont parfois appelées infections.
• Les arthropodes tels que les tiques , les acariens , les puces et Les poux peuvent également provoquer des maladies humaines, qui sont conceptuellement similaires aux infections, mais l’invasion d’un corps humain ou animal par ces macroparasites est généralement appelée infestation .
• Prions (bien qu’ils ne sécrètent pas de toxines)

Signes et symptômes

Les signes et les symptômes d’une infection dépendent du type de maladie. Certains signes d’infection affectent l’ensemble du corps en général, comme la fatigue , la perte d’appétit, la perte de poids, la fièvre , les sueurs nocturnes, les frissons, les courbatures et les douleurs. D’autres sont spécifiques à certaines parties du corps, comme les éruptions cutanées , la toux ou l’écoulement nasal . ^[dix]

Dans certains cas, les maladies infectieuses peuvent être asymptomatiques pendant une grande partie ou même la totalité de leur évolution chez un hôte donné. Dans ce dernier cas, la maladie ne peut être définie comme une « maladie » (ce qui signifie par définition une maladie) chez les hôtes qui deviennent secondairement malades après un contact avec un porteur asymptomatique . Une infection n’est pas synonyme de maladie infectieuse, car certaines infections ne provoquent pas de maladie chez un hôte. ^[11]

Bactérie ou virale

Comme les infections bactériennes et virales peuvent provoquer les mêmes types de symptômes, il peut être difficile de distinguer quelle est la cause d’une infection spécifique. ^[12] Il est important de distinguer les deux, car les infections virales ne peuvent pas être guéries par des antibiotiques alors que les infections bactériennes le peuvent. ^[13]

Comparaison des infections virales et bactériennes

Caractéristique	Infection virale	Infection bactérienne
Symptômes typiques	En général, les infections virales sont systémiques. Cela signifie qu’ils impliquent de nombreuses parties différentes du corps ou plus d’un système corporel en même temps ; c’est-à-dire un nez qui coule, une congestion des sinus, une toux, des courbatures, etc. Ils peuvent parfois être locaux comme dans la conjonctivite virale ou “l’œil rose” et l’herpès. Seules quelques infections virales sont douloureuses, comme l’ herpès . La douleur des infections virales est souvent décrite comme des démangeaisons ou des brûlures. [12]	Les symptômes classiques d’une infection bactérienne sont des rougeurs localisées, de la chaleur, de l’enflure et de la douleur. L’une des caractéristiques d’une infection bactérienne est la douleur locale, c’est-à-dire la douleur qui touche une partie spécifique du corps. Par exemple, si une coupure se produit et est infectée par des bactéries, la douleur se produit au site de l’infection. Les maux de gorge d’origine bactérienne se caractérisent souvent par plus de douleur d’un côté de la gorge. Une Infection de l’oreille est plus susceptible d’être diagnostiquée comme bactérienne si la douleur survient dans une seule oreille. [12] Une coupure qui produit du pus et un liquide de couleur laiteuse est très probablement infectée. [14]
Cause	Virus pathogènes	Bactérie pathogène

Physiopathologie

Chaîne d’infection; la chaîne d’événements qui mènent à l’infection

Il existe une chaîne générale d’événements qui s’applique aux infections, parfois appelée chaîne d’infection . ^[15] La chaîne d’événements implique plusieurs étapes – qui incluent l’agent infectieux, le réservoir, l’entrée dans un hôte sensible, la sortie et la transmission à de nouveaux hôtes. Chacun des liens doit être présent dans un ordre chronologique pour qu’une infection se développe. La compréhension de ces étapes aide les travailleurs de la santé à cibler l’infection et à l’empêcher de se produire en premier lieu. ^[16]

La colonisation

Infection d’un ongle incarné ; il y a du pus (jaune) et une inflammation qui en résulte (rougeur et gonflement autour de l’ongle).

L’infection commence lorsqu’un organisme pénètre avec succès dans le corps, se développe et se multiplie. C’est ce qu’on appelle la colonisation. La plupart des humains ne sont pas facilement infectés. Les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou affaibli ont une sensibilité accrue aux infections chroniques ou persistantes. Les personnes dont le système immunitaire est affaibli sont particulièrement sensibles aux infections opportunistes . L’entrée dans l’hôte à l’interface hôte-pathogène se produit généralement par la muqueuse dans des orifices comme la cavité buccale, le nez, les yeux, les organes génitaux, l’anus ou le microbe peut pénétrer par des plaies ouvertes. Alors que quelques organismes peuvent se développer au site d’entrée initial, beaucoup migrent et provoquent une infection systémique dans différents organes. Certains agents pathogènes se développent dans les cellules hôtes (intracellulaires) tandis que d’autres se développent librement dans les fluides corporels. ^{[ citation nécessaire ]}

La colonisation des plaies fait référence à des micro-organismes non réplicatifs dans la plaie, tandis que dans les plaies infectées, des organismes réplicatifs existent et les tissus sont blessés. ^[17] Tous les organismes multicellulaires sont colonisés à un certain degré par des organismes extrinsèques, et la grande majorité d’entre eux existent dans une relation mutualiste ou commensale avec l’hôte. Un exemple de la première est l’ espèce de bactérie anaérobie , qui colonise le côlon des mammifères , et un exemple de la seconde sont les diverses espèces de staphylocoques qui existent sur la peau humaine.. Aucune de ces colonisations n’est considérée comme une infection. La différence entre une infection et une colonisation n’est souvent qu’une question de circonstance. Les organismes non pathogènes peuvent devenir pathogènes dans des conditions spécifiques, et même l’organisme le plus virulent nécessite certaines circonstances pour provoquer une infection compromettante. Certaines bactéries colonisatrices, telles que Corynebacteria sp. et les streptocoques viridans , empêchent l’adhésion et la colonisation des bactéries pathogènes et ont ainsi une relation symbiotique avec l’hôte, empêchant l’infection et accélérant la cicatrisation des plaies .

^{[18] [19] [20]} Cette image représente les étapes de l’infection pathogène.

Les variables impliquées dans le résultat de l’inoculation d’un hôte par un agent pathogène et le résultat final comprennent :

• la voie d’entrée de l’ agent pathogène et l’accès aux régions hôtes qu’il gagne
• la virulence intrinsèque de l’organisme particulier
• la quantité ou la charge de l’inoculant initial
• le statut immunitaire de l’hôte colonisé

A titre d’exemple, plusieurs espèces de staphylocoques restent inoffensives sur la peau, mais, lorsqu’elles sont présentes dans un espace normalement stérile , comme dans la capsule d’une articulation ou le péritoine , se multiplient sans résistance et causent des dommages. ^{[ citation nécessaire ]}

Un fait intéressant que la chromatographie en phase gazeuse-spectrométrie de masse , l’analyse de l’ARN ribosomal 16S , les omiques et d’autres technologies de pointe ont rendu plus évident pour les humains au cours des dernières décennies est que la colonisation microbienne est très courante même dans des environnements que les humains considèrent comme presque stériles .. Parce qu’il est normal d’avoir une colonisation bactérienne, il est difficile de savoir quelles plaies chroniques peuvent être classées comme infectées et quel est le risque de progression. Malgré le grand nombre de plaies observées dans la pratique clinique, les données de qualité sur les symptômes et les signes évalués sont limitées. Une revue des plaies chroniques dans la “Série d’examens cliniques rationnels” du Journal of the American Medical Association a quantifié l’importance de l’augmentation de la douleur comme indicateur d’infection. ^[21] L’examen a montré que la découverte la plus utile est une augmentation du niveau de douleur [gamme du rapport de vraisemblance (RV), 11–20] rend l’infection beaucoup plus probable, mais l’absence de douleur (gamme du rapport de vraisemblance négatif, 0,64– 0,88) n’exclut pas une infection (RV résumé 0,64–0,88).

Maladie

La maladie peut survenir si les mécanismes immunitaires protecteurs de l’hôte sont compromis et que l’organisme inflige des dommages à l’hôte. Les micro -organismes peuvent endommager les tissus en libérant une variété de toxines ou d’enzymes destructrices. Par exemple, Clostridium tetani libère une toxine qui paralyse les muscles, et le staphylocoque libère des toxines qui produisent un choc et une septicémie. Tous les agents infectieux ne causent pas la maladie chez tous les hôtes. Par exemple, moins de 5 % des personnes infectées par la poliomyélite développent la maladie. ^[22] En revanche, certains agents infectieux sont très virulents. Le prion responsable de la maladie de la vache folle et de la maladie de Creutzfeldt-Jakobtue invariablement tous les animaux et les personnes infectés. ^{[ citation nécessaire ]}

Les infections persistantes se produisent parce que le corps est incapable d’éliminer l’organisme après l’infection initiale. Les infections persistantes sont caractérisées par la présence continue de l’organisme infectieux, souvent sous forme d’infection latente avec des rechutes récurrentes occasionnelles de l’infection active. Certains virus peuvent entretenir une infection persistante en infectant différentes cellules du corps. Certains virus, une fois acquis, ne quittent jamais le corps. Un exemple typique est le virus de l’herpès, qui a tendance à se cacher dans les nerfs et à se réactiver lorsque des circonstances spécifiques surviennent. ^{[ citation nécessaire ]}

Les infections persistantes causent des millions de décès dans le monde chaque année. ^[23] Les infections chroniques par des parasites représentent une morbidité et une mortalité élevées dans de nombreux pays sous-développés. ^{[24] [25]}

Transmission

Un moustique domestique du sud ( Culex quinquefasciatus ) est un vecteur qui transmet les agents pathogènes responsables de la fièvre du Nil occidental et du paludisme aviaire, entre autres.

Pour que les organismes infectieux survivent et répètent le cycle d’infection chez d’autres hôtes, ils (ou leur progéniture) doivent quitter un réservoir existant et provoquer une infection ailleurs. La transmission des infections peut se faire par de nombreuses voies potentielles : ^[26]

• Le contact avec les gouttelettes , également connu sous le nom de voie respiratoire , et l’ infection qui en résulte peuvent être qualifiés de maladie transmise par voie aérienne . Si une personne infectée tousse ou éternue sur une autre personne, les micro-organismes, en suspension dans des gouttelettes chaudes et humides, peuvent pénétrer dans le corps par le nez, la bouche ou la surface des yeux.
• Transmission féco-orale , dans laquelle les aliments ou l’eau sont contaminés (par des personnes qui ne se lavent pas les mains avant de préparer des aliments ou par des eaux usées non traitées rejetées dans un approvisionnement en eau potable) et les personnes qui les mangent et les boivent sont infectées. Les agents pathogènes à transmission fécale-orale courants comprennent Vibrio cholerae , les espèces Giardia , les rotavirus , Entameba histolytica , Escherichia coli et les vers solitaires . ^[27] La ​​plupart de ces agents pathogènes provoquent des gastro- entérites .
• Transmission sexuelle , la maladie qui en résulte étant appelée maladie sexuellement transmissible
• Transmission orale , les maladies qui se transmettent principalement par voie orale peuvent être attrapées par contact oral direct, comme un baiser , ou par contact indirect, comme en partageant un verre à boire ou une cigarette.
• Transmission par contact direct , Certaines maladies transmissibles par contact direct comprennent le pied d’athlète , l’ impétigo et les verrues .
• Transmission par véhicule, transmission par un réservoir inanimé (nourriture, eau, sol) ^[28]
• Transmission verticale , directement de la mère à un embryon , un fœtus ou un bébé pendant la grossesse ou l’ accouchement . Elle peut survenir à la suite d’une infection préexistante ou contractée pendant la grossesse.
• Transmission iatrogène , due à des procédures médicales telles que l’ injection ou la transplantation de matériel infecté.
• Transmission vectorielle , transmise par un vecteur , qui est un organisme qui ne provoque pas lui-même la maladie mais qui transmet l’infection en transmettant des agents pathogènes d’un hôte à un autre. ^[29]

La relation entre la virulence et la transmissibilité est complexe ; si une maladie est rapidement mortelle, l’hôte peut mourir avant que le microbe puisse être transmis à un autre hôte. ^{[ citation nécessaire ]}

Diagnostic

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Le diagnostic d’une maladie infectieuse implique parfois l’identification directe ou indirecte d’un agent infectieux. ^[30] En pratique, la plupart des maladies infectieuses mineures telles que les verrues , les abcès cutanés , les infections du système respiratoire et les maladies diarrhéiquessont diagnostiqués par leur présentation clinique et traités sans connaître l’agent causal spécifique. Les conclusions sur la cause de la maladie sont basées sur la probabilité qu’un patient soit entré en contact avec un agent particulier, la présence d’un microbe dans une communauté et d’autres considérations épidémiologiques. Avec un effort suffisant, tous les agents infectieux connus peuvent être spécifiquement identifiés. Cependant, les avantages de l’identification sont souvent largement compensés par le coût, car souvent il n’y a pas de traitement spécifique, la cause est évidente ou l’issue d’une infection est bénigne .

Le diagnostic de maladie infectieuse est presque toujours initié par les antécédents médicaux et l’examen physique. Des techniques d’identification plus détaillées impliquent la culture d’agents infectieux isolés d’un patient. La culture permet l’identification d’organismes infectieux en examinant leurs caractéristiques microscopiques, en détectant la présence de substances produites par des agents pathogènes et en identifiant directement un organisme par son génotype. D’autres techniques (telles que les rayons X , les tomodensitogrammes , les TEP ou la RMN ) sont utilisées pour produire des images d’anomalies internes résultant de la croissance d’un agent infectieux. Les images sont utiles pour détecter, par exemple, un abcès osseux ou uneencéphalopathie spongiforme produite par un prion .

Diagnostic symptomatique

Le diagnostic est facilité par les symptômes présentés chez tout individu atteint d’une maladie infectieuse, mais il nécessite généralement des techniques de diagnostic supplémentaires pour confirmer la suspicion. Certains signes sont spécifiquement caractéristiques et révélateurs d’une maladie et sont appelés signes pathognomoniques ; mais ceux-ci sont rares. Toutes les infections ne sont pas symptomatiques. ^[31]

Chez les enfants, la présence d’ une cyanose , d’une respiration rapide, d’une mauvaise perfusion périphérique ou d’une éruption pétéchiale multiplie par plus de 5 le risque d’infection grave. ^[32] D’autres indicateurs importants incluent l’inquiétude parentale, l’instinct clinique et une température supérieure à 40 °C. ^[32]

Culture microbienne

Quatre plaques de gélose nutritive cultivant des colonies de bactéries Gram négatives communes .

De nombreuses approches diagnostiques dépendent de la culture microbiologique pour isoler un agent pathogène à partir de l’échantillon clinique approprié. ^[33] Dans une culture microbienne, un milieu de croissance est fourni pour un agent spécifique. Un échantillon prélevé sur un tissu ou un fluide potentiellement malade est ensuite testé pour la présence d’un agent infectieux capable de se développer dans ce milieu. De nombreuses bactéries pathogènes se développent facilement sur de la gélose nutritive , une forme de milieu solide qui fournit les glucides et les protéines nécessaires à la croissance, ainsi que de grandes quantités d’eau. Une seule bactérie se développera en un monticule visible à la surface de la plaque appelée colonie, qui peuvent être séparés des autres colonies ou fusionnés en une “pelouse”. La taille, la couleur, la forme et la forme d’une colonie sont caractéristiques de l’espèce bactérienne, de sa composition génétique spécifique (sa souche ) et de l’environnement qui favorise sa croissance. D’autres ingrédients sont souvent ajoutés à la plaque pour faciliter l’identification. Les plaques peuvent contenir des substances qui permettent la croissance de certaines bactéries et pas d’autres, ou qui changent de couleur en réponse à certaines bactéries et pas à d’autres. Des plaques bactériologiques telles que celles-ci sont couramment utilisées dans l’identification clinique de bactéries infectieuses. La culture microbienne peut également être utilisée dans l’identification des virus: le milieu, dans ce cas, étant des cellules cultivées que le virus peut infecter, puis altérer ou tuer. Dans le cas de l’identification virale, une région de cellules mortes résulte de la croissance virale et est appelée « plaque ». Les parasites eucaryotes peuvent également être cultivés en culture comme moyen d’identifier un agent particulier. ^{[ citation nécessaire ]}

En l’absence de techniques de culture sur plaque appropriées, certains microbes nécessitent une culture au sein d’animaux vivants. Des bactéries telles que Mycobacterium leprae et Treponema pallidum peuvent être cultivées sur des animaux, bien que les techniques sérologiques et microscopiques rendent inutile l’utilisation d’animaux vivants. Les virus sont également généralement identifiés à l’aide d’alternatives à la croissance dans la culture ou les animaux. Certains virus peuvent être cultivés dans des œufs embryonnés . Une autre méthode d’identification utile est le xénodiagnostic, ou l’utilisation d’un vecteur pour favoriser la croissance d’un agent infectieux. La maladie de Chagas en est l’exemple le plus significatif, car il est difficile de démontrer directement la présence de l’agent causal, Trypanosoma cruzichez un patient, ce qui rend donc difficile l’établissement d’un diagnostic définitif. Dans ce cas, le xénodiagnostic implique l’utilisation du vecteur de l’agent de Chagas T. cruzi , une punaise triatomique non infectée , qui prélève un repas de sang sur une personne suspectée d’avoir été infectée. Le bogue est ensuite inspecté pour la croissance de T. cruzi dans son intestin. ^{[ citation nécessaire ]}

Microscopie

Un autre outil principal dans le diagnostic des maladies infectieuses est la microscopie . ^[34] Pratiquement toutes les techniques de culture discutées ci-dessus reposent, à un moment donné, sur un examen microscopique pour l’identification définitive de l’agent infectieux. La microscopie peut être réalisée avec des instruments simples, comme le microscope optique composé , ou avec des instruments aussi complexes qu’un microscope électronique . Les échantillons prélevés sur les patients peuvent être visualisés directement au microscope optique et peuvent souvent conduire rapidement à une identification. La microscopie est souvent également utilisée en conjonction avec des techniques de coloration biochimique , et peut être extrêmement spécifique lorsqu’elle est utilisée en combinaison avec un anticorpstechniques basées. Par exemple, l’utilisation d’anticorps rendus artificiellement fluorescents (anticorps marqués par fluorescence) peut être dirigée pour se lier à et identifier un antigène spécifique présent sur un agent pathogène. Un microscope à fluorescence est ensuite utilisé pour détecter des anticorps marqués par fluorescence liés à des antigènes intériorisés dans des échantillons cliniques ou des cellules cultivées. Cette technique est particulièrement utile dans le diagnostic des maladies virales, où le microscope optique est incapable d’identifier directement un virus. ^{[ citation nécessaire ]}

D’autres procédures microscopiques peuvent également aider à identifier les agents infectieux. Presque toutes les cellules se colorent facilement avec un certain nombre de colorants basiques en raison de l’ attraction électrostatique entre les molécules cellulaires chargées négativement et la charge positive sur le colorant. Une cellule est normalement transparente au microscope et l’utilisation d’un colorant augmente le contraste d’une cellule avec son arrière-plan. La coloration d’une cellule avec un colorant tel que la coloration de Giemsa ou le cristal violet permet à un microscopiste de décrire sa taille, sa forme, ses composants internes et externes et ses associations avec d’autres cellules. La réponse des bactéries à différentes procédures de coloration est également utilisée dans la classification taxonomique des microbes. Deux méthodes, laLa coloration de Gram et la coloration acido- résistante sont les approches standard utilisées pour classer les bactéries et diagnostiquer la maladie. La coloration de Gram identifie les groupes bactériens Bacillota et Actinomycetota , qui contiennent tous deux de nombreux agents pathogènes humains importants. La procédure de coloration acido-résistante identifie les genres Actinomycetota Mycobacterium et Nocardia . ^{[ citation nécessaire ]}

Tests biochimiques

Les tests biochimiques utilisés dans l’identification des agents infectieux comprennent la détection de produits métaboliques ou enzymatiques caractéristiques d’un agent infectieux particulier. Étant donné que les bactéries fermentent les glucides selon des schémas caractéristiques de leur genre et de leur espèce , la détection des produits de fermentation est couramment utilisée dans l’identification bactérienne. Les acides , les alcools et les gaz sont généralement détectés dans ces tests lorsque les bactéries sont cultivées dans des milieux liquides ou solides sélectifs . ^{[ citation nécessaire ]}

L’isolement d’ enzymes à partir de tissus infectés peut également fournir la base d’un diagnostic biochimique d’une maladie infectieuse. Par exemple, l’homme ne peut fabriquer ni ARN réplicases ni transcriptase inverse , et la présence de ces enzymes est caractéristique de types spécifiques d’infections virales. La capacité de la protéine virale hémagglutinine à lier les globules rouges ensemble dans une matrice détectable peut également être caractérisée comme un test biochimique d’infection virale, bien qu’à proprement parler l’hémagglutinine ne soit pas une enzyme et n’ait aucune fonction métabolique. ^{[ citation nécessaire ]}

Les méthodes sérologiques sont des tests très sensibles, spécifiques et souvent extrêmement rapides utilisés pour identifier les micro-organismes. Ces tests sont basés sur la capacité d’un anticorps à se lier spécifiquement à un antigène. L’antigène, généralement une protéine ou un glucide fabriqué par un agent infectieux, est lié par l’anticorps. Cette liaison déclenche alors une chaîne d’événements qui peuvent être visiblement évidents de diverses manières, en fonction du test. Par exemple, ” l’angine streptococcique ” est souvent diagnostiquée en quelques minutes et est basée sur l’apparition d’antigènes fabriqués par l’agent causal, S. pyogenes, qui est récupéré de la gorge d’un patient avec un coton-tige. Les tests sérologiques, s’ils sont disponibles, sont généralement la voie d’identification privilégiée, mais les tests sont coûteux à développer et les réactifs utilisés dans le test nécessitent souvent une réfrigération . Certaines méthodes sérologiques sont extrêmement coûteuses, bien que lorsqu’elles sont couramment utilisées, comme avec le “test streptococcique”, elles peuvent être peu coûteuses. ^[11]

Des techniques sérologiques complexes ont été développées dans ce que l’on appelle des dosages immunologiques. Les dosages immunologiques peuvent utiliser la liaison de base anticorps-antigène comme base pour produire un signal de rayonnement électromagnétique ou de particules, qui peut être détecté par une certaine forme d’instrumentation. Le signal des inconnues peut être comparé à celui des étalons permettant la quantification de l’antigène cible. Pour faciliter le diagnostic des maladies infectieuses, les dosages immunologiques peuvent détecter ou mesurer des antigènes provenant d’agents infectieux ou de protéines générées par un organisme infecté en réponse à un agent étranger. Par exemple, l’immunodosage A peut détecter la présence d’une protéine de surface à partir d’une particule virale. L’immunodosage B, quant à lui, peut détecter ou mesurer les anticorps produits par le système immunitaire d’un organisme qui sont conçus pour neutraliser et permettre la destruction du virus.

L’instrumentation peut être utilisée pour lire des signaux extrêmement petits créés par des réactions secondaires liées à la liaison anticorps-antigène. L’instrumentation peut contrôler l’échantillonnage, l’utilisation des réactifs, les temps de réaction, la détection des signaux, le calcul des résultats et la gestion des données pour produire un processus automatisé rentable pour le diagnostic des maladies infectieuses.

Diagnostic basé sur la PCR

Tests d’acide nucléique effectués à l’aide d’un appareil Abbott Laboratories ID Now

Les technologies basées sur la méthode de réaction en chaîne par polymérase (PCR) deviendront des étalons-or presque omniprésents des diagnostics du futur proche, pour plusieurs raisons. Premièrement, le catalogue des agents infectieux s’est élargi au point que pratiquement tous les agents infectieux importants de la population humaine ont été identifiés. Deuxièmement, un agent infectieux doit se développer dans le corps humain pour provoquer une maladie ; il doit essentiellement amplifier ses propres acides nucléiques pour provoquer une maladie. Cette amplification d’acide nucléique dans un tissu infecté offre une opportunité de détecter l’agent infectieux en utilisant la PCR. Troisièmement, les outils essentiels pour diriger la PCR, les amorces , sont dérivés des génomesd’agents infectieux, et avec le temps ces génomes seront connus, s’ils ne le sont pas déjà. ^{[ citation nécessaire ]}

Ainsi, les capacités technologiques permettant de détecter rapidement et spécifiquement tout agent infectieux sont actuellement disponibles. Les seuls blocages restants à l’utilisation de la PCR comme outil de diagnostic standard sont son coût et son application, qui ne sont pas insurmontables. Le diagnostic de quelques maladies ne bénéficiera pas du développement des méthodes PCR, comme certaines maladies clostridiennes ( tétanos et botulisme ). Ces maladies sont fondamentalement des empoisonnements biologiques par un nombre relativement restreint de bactéries infectieuses qui produisent des neurotoxines extrêmement puissantes . Une prolifération significative de l’agent infectieux ne se produit pas, cela limite la capacité de la PCR à détecter la présence de toute bactérie. ^{[ citation nécessaire]}

Séquençage métagénomique

Compte tenu du large éventail d’agents pathogènes bactériens, viraux, fongiques, protozoaires et helminthiques qui causent des maladies débilitantes et potentiellement mortelles, la capacité d’identifier rapidement la cause de l’infection est importante mais souvent difficile. Par exemple, plus de la moitié des cas d’ encéphalite , une maladie grave affectant le cerveau, restent non diagnostiqués, malgré des tests approfondis utilisant la norme de soins ( culture microbiologique ) et des méthodes de laboratoire clinique de pointe. métagénomiquedes tests de diagnostic basés sur le séquençage sont actuellement en cours de développement pour une utilisation clinique et s’avèrent prometteurs en tant que moyen sensible, spécifique et rapide de diagnostiquer une infection à l’aide d’un seul test global. Ce test est similaire aux tests PCR actuels ; cependant, une amplification du génome entier non ciblée est utilisée plutôt que des amorces pour un agent infectieux spécifique. Cette étape d’amplification est suivie d’ un séquençage de nouvelle génération ou de troisième génération , de comparaisons d’alignement et d’ une classification taxonomique à l’aide de grandes bases de données de milliers de génomes de référence pathogènes et commensaux . Simultanément, les gènes de résistance aux antimicrobiens au sein des agents pathogènes etles génomes plasmidiques sont séquencés et alignés sur les génomes pathogènes classés taxonomiquement pour générer un profil de résistance aux antimicrobiens – analogue aux tests de sensibilité aux antibiotiques – pour faciliter la gestion des antimicrobiens et permettre l’optimisation du traitement en utilisant les médicaments les plus efficaces pour l’infection d’un patient.

Le séquençage métagénomique pourrait s’avérer particulièrement utile pour le diagnostic lorsque le patient est immunodéprimé . Un éventail toujours plus large d’agents infectieux peut causer de graves dommages aux personnes immunosupprimées, de sorte que le dépistage clinique doit souvent être plus large. De plus, l’expression des symptômes est souvent atypique, rendant plus difficile un diagnostic clinique basé sur la présentation. Troisièmement, les méthodes de diagnostic qui reposent sur la détection d’anticorps sont plus susceptibles d’échouer. Un test rapide, sensible, spécifique et non ciblé pour tous les agents pathogènes humains connus qui détecte la présence de l’ADN de l’organisme plutôt que des anticorps est donc hautement souhaitable.

Indication des tests

Un site de test au volant temporaire pour COVID-19 mis en place avec des tentes dans un parking

Il n’y a généralement d’ indication pour une identification spécifique d’un agent infectieux que lorsqu’une telle identification peut aider au traitement ou à la prévention de la maladie, ou pour faire progresser la connaissance de l’évolution d’une maladie avant le développement de mesures thérapeutiques ou préventives efficaces. Par exemple, au début des années 1980, avant l’apparition de l’ AZT pour le traitement du SIDA , l’évolution de la maladie était suivie de près en surveillant la composition des échantillons de sang des patients, même si le résultat n’offrait au patient aucune autre option de traitement. . En partie, ces études sur l’apparition du VIH dans des communautés spécifiques ont permis d’avancer des hypothèsesquant à la voie de transmission du virus. En comprenant comment la maladie a été transmise, les ressources pourraient être ciblées sur les communautés les plus à risque dans des campagnes visant à réduire le nombre de nouvelles infections. L’ identification diagnostique sérologique spécifique, et plus tard l’identification génotypique ou moléculaire, du VIH a également permis de développer des hypothèses sur les origines temporelles et géographiques du virus, ainsi qu’une myriade d’autres hypothèses. ^[11] Le développement d’outils de diagnostic moléculaire a permis aux médecins et aux chercheurs de surveiller l’efficacité du traitement avec des médicaments anti-rétroviraux. Les diagnostics moléculaires sont maintenant couramment utilisés pour identifier le VIH chez les personnes en bonne santé bien avant l’apparition de la maladie et ont été utilisés pour démontrer l’existence de personnes génétiquement résistantes à l’infection par le VIH. Ainsi, bien qu’il n’existe toujours pas de remède contre le SIDA, il existe un grand avantage thérapeutique et prédictif à identifier le virus et à surveiller les niveaux de virus dans le sang des personnes infectées, à la fois pour le patient et pour la communauté dans son ensemble.

Classification

Infraclinique versus clinique (latente versus apparente)

Les infections symptomatiques sont apparentes et cliniques , alors qu’une infection active mais qui ne produit pas de symptômes perceptibles peut être qualifiée d’ inapparente, silencieuse, subclinique ou occulte . Une infection inactive ou dormante est appelée infection latente . ^[35] Un exemple d’infection bactérienne latente est la tuberculose latente . Certaines infections virales peuvent également être latentes, des exemples d’ infections virales latentes sont celles de la famille des Herpesviridae . ^[36]

Le mot infection peut désigner toute présence d’un agent pathogène particulier (aussi faible soit-il), mais il est également souvent utilisé dans un sens impliquant une infection cliniquement apparente (en d’autres termes, un cas de maladie infectieuse). Ce fait crée parfois une certaine ambiguïté ou suscite une discussion sur l’ utilisation ; Pour contourner ce problème, il est courant que les professionnels de la santé parlent de colonisation (plutôt que d’ infection ) lorsqu’ils signifient que certains des agents pathogènes sont présents mais qu’aucune infection cliniquement apparente (aucune maladie) n’est présente. ^{[ citation nécessaire ]}

Évolution de l’infection

Différents termes sont utilisés pour décrire comment et où les infections se présentent au fil du temps. Dans une infection aiguë , les symptômes se développent rapidement ; son évolution peut être rapide ou prolongée. Dans les infections chroniques , les symptômes se développent généralement progressivement au fil des semaines ou des mois et sont lents à disparaître. ^[37] Dans les infections subaiguës , les symptômes mettent plus de temps à se développer que dans les infections aiguës mais surviennent plus rapidement que ceux des infections chroniques. Une infection focale est un site initial d’infection à partir duquel les organismes se déplacent via la circulation sanguine vers une autre zone du corps. ^[38]

Primaire versus opportuniste

Parmi les nombreuses variétés de micro -organismes , relativement peu provoquent des maladies chez des individus par ailleurs en bonne santé. ^[39] Les maladies infectieuses résultent de l’interaction entre ces quelques agents pathogènes et les défenses des hôtes qu’ils infectent. L’apparition et la gravité de la maladie résultant de tout pathogène dépendent de la capacité de ce pathogène à endommager l’hôte ainsi que de la capacité de l’hôte à résister au pathogène. Cependant, le système immunitaire d’un hôte peut également causer des dommages à l’hôte lui-même dans le but de contrôler l’infection. Les cliniciens classent donc les micro-organismes infectieux ou les microbes en fonction de l’état des défenses de l’hôte – soit en tant qu’agents pathogènes primaires , soit en tant qu’agents pathogènes opportunistes . ^[40]

Agents pathogènes primaires

Les agents pathogènes primaires provoquent des maladies en raison de leur présence ou de leur activité chez l’hôte normal et sain, et leur virulence intrinsèque (la gravité de la maladie qu’ils provoquent) est, en partie, une conséquence nécessaire de leur besoin de se reproduire et de se propager. Bon nombre des agents pathogènes primaires les plus courants chez l’homme n’infectent que l’homme, cependant, de nombreuses maladies graves sont causées par des organismes acquis de l’environnement ou qui infectent des hôtes non humains. ^[41]

Pathogènes opportunistes

Les agents pathogènes opportunistes peuvent provoquer une maladie infectieuse chez un hôte présentant une résistance déprimée ( immunodéficience ) ou s’il a un accès inhabituel à l’intérieur du corps (par exemple, via un traumatisme ). Les infections opportunistes peuvent être causées par des microbes habituellement en contact avec l’hôte, tels que des bactéries pathogènes ou des Champignons dans les voies gastro -intestinales ou les voies respiratoires supérieures , et elles peuvent également résulter de microbes (sinon inoffensifs) acquis auprès d’autres hôtes (comme dans la colite à Clostridium difficile ) ou de l’environnement à la suite d’ une introduction traumatique (comme dans les infections de plaies chirurgicales oufractures ouvertes ). Une maladie opportuniste nécessite une altération des défenses de l’hôte, qui peut survenir à la suite d’ anomalies génétiques (telles que la maladie granulomateuse chronique ), d’une exposition à des médicaments antimicrobiens ou à des produits chimiques immunosuppresseurs (comme cela peut se produire après un empoisonnement ou une chimiothérapie anticancéreuse ) , d’une exposition à des rayonnements ionisants ou à la suite d’une maladie infectieuse à activité immunosuppressive (comme la rougeole , le paludisme ou la maladie à VIH). Les agents pathogènes primaires peuvent également provoquer une maladie plus grave chez un hôte présentant une résistance déprimée que ce qui se produirait normalement chez un hôte immunosuffisant. ^[11]

Infection secondaire

Alors qu’une infection primaire peut pratiquement être considérée comme la cause fondamentale du problème de santé actuel d’un individu, une infection secondaire est une séquelle ou une complication de cette cause fondamentale. Par exemple, une infection due à une brûlure ou à un traumatisme pénétrant (la cause fondamentale) est une infection secondaire. Les agents pathogènes primaires provoquent souvent une infection primaire et souvent une infection secondaire. Habituellement, les infections opportunistes sont considérées comme des infections secondaires (parce que l’immunodéficience ou la blessure était le facteur prédisposant). ^[40]

Autres types d’infection

Les autres types d’infections consistent en des infections mixtes, iatrogènes, nosocomiales et communautaires. Une infection mixte est une infection causée par deux agents pathogènes ou plus. Un exemple de ceci est l’ appendicite , qui est causée par Bacteroides fragilis et Escherichia coli . La seconde est une infection iatrogène. Ce type d’infection est celle qui est transmise d’un travailleur de la santé à un patient. Une infection nosocomiale est également une infection qui survient dans un établissement de soins de santé. Les infections nosocomiales sont celles qui sont contractées lors d’un séjour hospitalier. Enfin, une infection acquise dans la communauté est une infection dans laquelle l’infection est acquise à partir de toute une communauté. ^[38]

Infectieux ou non

Une manière de prouver qu’une maladie donnée est infectieuse est de satisfaire aux postulats de Koch (proposés pour la première fois par Robert Koch ), qui exigent que premièrement, l’ agent infectieux ne soit identifiable que chez les patients atteints de la maladie, et non chez les témoins sains, et deuxièmement , que les patients qui contractent l’agent infectieux développent également la maladie. Ces postulats ont été utilisés pour la première fois dans la découverte que les espèces de mycobactéries causent la tuberculose . ^[42]

Cependant, les postulats de Koch ne peuvent généralement pas être testés dans la pratique moderne pour des raisons éthiques. Pour les prouver, il faudrait infecter expérimentalement un individu sain avec un agent pathogène produit sous forme de culture pure. A l’inverse, les maladies même manifestement infectieuses ne répondent pas toujours aux critères infectieux ; par exemple, Treponema pallidum , le spirochète responsable de la syphilis , ne peut pas être cultivé in vitro – cependant, l’organisme peut être cultivé dans des testicules de lapin . Il est moins clair qu’une culture pure provienne d’une source animale servant d’hôte qu’elle ne l’est lorsqu’elle est dérivée de microbes issus d’une culture sur plaque. ^[43]

L’ épidémiologie , ou l’étude et l’analyse de qui, pourquoi et où la maladie survient, et ce qui détermine si diverses populations ont une maladie, est un autre outil important utilisé pour comprendre les maladies infectieuses. Les épidémiologistes peuvent déterminer les différences entre les groupes au sein d’une population, par exemple si certains groupes d’âge ont un taux d’infection plus ou moins élevé; si les groupes vivant dans différents quartiers sont plus susceptibles d’être infectés ; et par d’autres facteurs, tels que le sexe et la race. Les chercheurs peuvent également évaluer si une épidémie est sporadique ou juste occasionnelle ; endémique , avec un niveau constant de cas réguliers survenant dans une région ; épidémie , avec une apparition rapide et un nombre anormalement élevé de cas dans une région ; ou alorspandémie , qui est une épidémie mondiale. Si la cause de la maladie infectieuse est inconnue, l’épidémiologie peut être utilisée pour faciliter la recherche des sources d’infection. ^[44]

Contagion

Les maladies infectieuses sont parfois appelées maladies contagieuses lorsqu’elles se transmettent facilement par contact avec une personne malade ou ses sécrétions (ex. : grippe ). Ainsi, une maladie contagieuse est un sous-ensemble de maladies infectieuses particulièrement infectieuses ou facilement transmissibles. D’autres types de maladies infectieuses, transmissibles ou transmissibles avec des voies d’infection plus spécialisées, telles que la transmission vectorielle ou la transmission sexuelle, ne sont généralement pas considérées comme « contagieuses » et ne nécessitent souvent pas d’isolement médical (parfois vaguement appelé quarantaine ).) des victimes. Cependant, cette connotation spécialisée du mot « contagieux » et « maladie contagieuse » (facilité transmissible) n’est pas toujours respectée dans l’usage populaire. Les maladies infectieuses sont généralement transmises de personne à personne par contact direct. Les types de contact sont de personne à personne et de propagation de gouttelettes. Les contacts indirects tels que la transmission par voie aérienne, les objets contaminés, les aliments et l’eau potable, le contact avec les animaux, les réservoirs d’animaux, les piqûres d’insectes et les réservoirs environnementaux sont un autre mode de transmission des maladies infectieuses. ^[45]

Par localisation anatomique

Les infections peuvent être classées selon l’emplacement anatomique ou le système d’organe infecté, y compris : ^{[ la citation nécessaire ]}

• Infection urinaire
• Infection de la peau
• Infection des voies respiratoires
• Infection odontogène (une infection qui prend naissance dans une dent ou dans les tissus environnants)
• Infections vaginales
• Infection intra-amniotique

En outre, les sites d’ inflammation où l’infection est la cause la plus fréquente comprennent la pneumonie , la méningite et la salpingite . ^{[ citation nécessaire ]}

La prévention

Se laver les mains, une forme d’ hygiène , est un moyen efficace de prévenir la propagation des maladies infectieuses. ^[46]

Des techniques comme le lavage des mains, le port de blouses et le port de masques faciaux peuvent aider à prévenir la transmission des infections d’une personne à une autre. La technique aseptique a été introduite en médecine et en chirurgie à la fin du 19e siècle et a considérablement réduit l’incidence des infections causées par la chirurgie. Le lavage fréquent des mains reste la défense la plus importante contre la propagation d’organismes indésirables. ^[47] Il existe d’autres formes de prévention comme éviter l’usage de drogues illicites, utiliser un préservatif , porter des gants et avoir un mode de vie sain avec une alimentation équilibrée et une activité physique régulière. Il est également important de bien cuire les aliments et d’éviter les aliments qui sont restés longtemps à l’extérieur.

Les substances antimicrobiennes utilisées pour prévenir la transmission des infections comprennent :

• les antiseptiques , qui sont appliqués sur les tissus vivants / la peau
• désinfectants , qui détruisent les micro-organismes trouvés sur des objets non vivants.
• les antibiotiques , dits prophylactiques lorsqu’ils sont administrés en prévention plutôt qu’en traitement de l’infection. Cependant, l’utilisation à long terme d’antibiotiques entraîne une résistance des bactéries. Alors que les humains ne deviennent pas immunisés contre les antibiotiques, les bactéries oui. Ainsi, éviter d’utiliser des antibiotiques plus longtemps que nécessaire aide à empêcher les bactéries de former des mutations qui contribuent à la résistance aux antibiotiques.

L’un des moyens de prévenir ou de ralentir la transmission des maladies infectieuses consiste à reconnaître les différentes caractéristiques des diverses maladies. ^[48] ​​Certaines caractéristiques critiques de la maladie qui devraient être évaluées comprennent la virulence , la distance parcourue par les victimes et le niveau de contagiosité. Les souches humaines du virus Ebola , par exemple, neutralisent leurs victimes extrêmement rapidement et les tuent peu après. De ce fait, les victimes de cette maladie n’ont pas la possibilité de voyager très loin de la zone d’infection initiale. ^[49] De plus, ce virus doit se propager à travers des lésions cutanées ou des membranes perméables telles que l’œil. Ainsi, la phase initiale d’ Ebolaest peu contagieuse puisque ses victimes ne subissent que des hémorragies internes. En raison des caractéristiques ci-dessus, la propagation d’Ebola est très rapide et reste généralement dans une zone géographique relativement confinée. En revanche, le virus de l’immunodéficience humaine ( VIH ) tue ses victimes très lentement en s’attaquant à leur système immunitaire. ^[11] En conséquence, nombre de ses victimes transmettent le virus à d’autres individus avant même de se rendre compte qu’ils sont porteurs de la maladie. De plus, la virulence relativement faible permet à ses victimes de parcourir de longues distances, augmentant la probabilité d’une épidémie .

Un autre moyen efficace de réduire le taux de transmission des maladies infectieuses consiste à reconnaître les effets des réseaux du petit monde . ^[48]Dans les épidémies, il existe souvent des interactions étendues au sein de centres ou de groupes d’individus infectés et d’autres interactions au sein de centres discrets d’individus sensibles. Malgré la faible interaction entre les hubs discrets, la maladie peut sauter et se propager dans un hub sensible via une ou quelques interactions avec un hub infecté. Ainsi, les taux d’infection dans les réseaux du petit monde peuvent être quelque peu réduits si les interactions entre les individus au sein des hubs infectés sont éliminées (Figure 1). Cependant, les taux d’infection peuvent être considérablement réduits si l’accent est mis sur la prévention des sauts de transmission entre les hubs. L’utilisation de programmes d’échange de seringues dans les zones à forte densité d’usagers de drogues séropositifs est un exemple de la mise en œuvre réussie de cette méthode de traitement. ^{[ citation nécessaire ]}Un autre exemple est l’utilisation de l’abattage circulaire ou de la vaccination du bétail potentiellement sensible dans les fermes adjacentes pour prévenir la propagation du virus de la fièvre aphteuse en 2001. ^[50]

Une méthode générale pour prévenir la transmission d’ agents pathogènes à transmission vectorielle est la lutte antiparasitaire .

Dans les cas où l’infection est simplement suspectée, les individus peuvent être mis en quarantaine jusqu’à ce que la période d’incubation soit passée et que la maladie se manifeste ou que la personne reste en bonne santé. Les groupes peuvent être mis en quarantaine ou, dans le cas des communautés, un cordon sanitaire peut être imposé pour empêcher l’infection de se propager au-delà de la communauté ou, dans le cas d’ une séquestration protectrice , dans une communauté. Les autorités de santé publique peuvent mettre en œuvre d’autres formes de distanciation sociale , comme la fermeture d’écoles, pour contrôler une épidémie.

Immunité

Mary Mallon (alias Typhoid Mary) était porteuse asymptomatique de la fièvre typhoïde . Au cours de sa carrière de cuisinière, elle a infecté 53 personnes, dont trois sont décédées.

L’infection par la plupart des agents pathogènes n’entraîne pas la mort de l’hôte et l’organisme incriminé est finalement éliminé après la disparition des symptômes de la maladie. ^[39] Ce processus nécessite des mécanismes immunitaires pour tuer ou inactiver l’ inoculum de l’agent pathogène. L’ immunité acquise spécifique contre les maladies infectieuses peut être médiée par des anticorps et/ou des lymphocytes T . L’immunité médiée par ces deux facteurs peut se manifester par :

• un effet direct sur un agent pathogène, tel que la bactériolyse, l’opsonoisation , la phagocytose et la destruction dépendant du complément initiée par les anticorps , comme cela se produit pour certaines bactéries,
• neutralisation des virus afin que ces organismes ne puissent pénétrer dans les cellules,
• soit par les lymphocytes T, qui vont tuer une cellule parasitée par un micro-organisme.

La réponse du système immunitaire à un micro-organisme provoque souvent des symptômes tels qu’une forte fièvre et une inflammation , et a le potentiel d’être plus dévastatrice que les dommages directs causés par un microbe. ^[11]

La résistance à l’infection ( immunité ) peut être acquise à la suite d’une maladie, par le portage asymptomatique de l’agent pathogène, par l’hébergement d’un organisme de structure similaire (réaction croisée) ou par la vaccination . La connaissance des antigènes protecteurs et des facteurs immunitaires acquis spécifiques de l’hôte est plus complète pour les pathogènes primaires que pour les pathogènes opportunistes . Il existe également le phénomène de l’immunité collective qui offre une mesure de protection aux personnes autrement vulnérables lorsqu’une proportion suffisamment importante de la population a acquis une immunité contre certaines infections.

La résistance immunitaire à une maladie infectieuse nécessite un niveau critique d’anticorps spécifiques à l’antigène et/ou de lymphocytes T lorsque l’hôte rencontre l’agent pathogène. Certains individus développent des anticorps sériques naturels contre les polysaccharides de surface de certains agents bien qu’ils n’aient eu que peu ou pas de contact avec l’agent, ces anticorps naturels confèrent une protection spécifique aux adultes et sont transmis passivement aux nouveau-nés.

Facteurs génétiques de l’hôte

L’organisme qui est la cible d’une action infectante d’un agent infectieux spécifique est appelé l’hôte. L’hôte hébergeant un agent qui est dans une phase de stade mature ou sexuellement actif est appelé l’hôte définitif. L’hôte intermédiaire entre en contact au stade larvaire. Un hôte peut être tout ce qui vit et peut atteindre la reproduction asexuée et sexuée. ^[51] La clairance des agents pathogènes, induite par le traitement ou spontanée, peut être influencée par les variantes génétiques portées par les patients individuels. Par exemple, pour l’hépatite C de génotype 1 traitée avec l’interféron pégylé-alpha-2a ou l’interféron pégylé-alpha-2b (noms de marque Pegasys ou PEG-Intron) combinés à la ribavirine, il a été démontré que les polymorphismes génétiques proches du gène humain IL28B, codant pour l’interféron lambda 3, sont associés à des différences significatives dans la clairance du virus induite par le traitement. Cette découverte, initialement rapportée dans Nature, ^[52] a montré que les patients atteints d’hépatite C de génotype 1 porteurs de certains allèles variants génétiques proches du gène IL28B sont plus susceptibles d’obtenir une réponse virologique soutenue après le traitement que d’autres. Un rapport ultérieur de Nature ^[53] a démontré que les mêmes variants génétiques sont également associés à la clairance naturelle du virus de l’hépatite C de génotype 1.

Traitements

Lorsque l’infection attaque le corps, les médicaments anti-infectieux peuvent supprimer l’infection. Plusieurs grands types de médicaments anti-infectieux existent, selon le type d’organisme ciblé; ils comprennent des agents antibactériens ( antibiotiques ; y compris antituberculeux ), antiviraux , antifongiques et antiparasitaires (y compris antiprotozoaires et antihelminthiques ). Selon la gravité et le type d’infection, l’antibiotique peut être administré par voie orale ou par injection, ou peut être appliqué par voie topique . Les infections graves du cerveau sont généralement traitées par voie intraveineuseantibiotiques. Parfois, plusieurs antibiotiques sont utilisés en cas de résistance à un antibiotique. Les antibiotiques ne fonctionnent que pour les bactéries et n’affectent pas les virus. Les antibiotiques agissent en ralentissant la multiplication des bactéries ou en tuant les bactéries. Les classes d’antibiotiques les plus couramment utilisées en médecine comprennent la pénicilline , les céphalosporines , les aminoglycosides , les macrolides , les quinolones et les tétracyclines . ^{[54] [55]}

Toutes les infections ne nécessitent pas de traitement et, pour de nombreuses infections spontanément résolutives , le traitement peut entraîner plus d’effets secondaires que d’avantages. La gestion des antimicrobiens est le concept selon lequel les prestataires de soins de santé doivent traiter une infection avec un antimicrobien qui fonctionne spécifiquement bien pour l’agent pathogène cible pendant le plus court laps de temps et ne traiter que lorsqu’il existe un agent pathogène connu ou hautement suspect qui répondra au médicament. ^[56]

Épidémiologie

Décès dus aux maladies infectieuses et parasitaires par million de personnes en 2012 28–81 82–114 115–171 172–212 213–283 284–516 517–1 193 1 194–2 476 2 477–3 954 3 955–6 812 Année de vie ajustée sur l’incapacité pour les maladies infectieuses et parasitaires pour 100 000 habitants en 2004. ^[57] pas de données ≤250 250–500 500–1000 1000–2000 2000–3000 3000–4000 4000–5000 5000–6250 6250–12 500 12 500–25 000 25 000 à 50 000 ≥50 000

En 2010, environ 10 millions de personnes sont mortes de maladies infectieuses. ^[58]

L’ Organisation mondiale de la santé recueille des informations sur les décès dans le monde par catégories de code de la Classification internationale des maladies (CIM) . Le tableau suivant énumère les principales maladies infectieuses selon le nombre de décès en 2002. Les données de 1993 sont incluses à des fins de comparaison.

Mortalité mondiale due aux maladies infectieuses ^{[59] [60]}

Rang	Cause de décès	Décès 2002 (en millions)	Pourcentage de tous les décès	Décès 1993 (en millions)	1993 Classement
N / A	Toutes les maladies infectieuses	14.7	25,9 %	16.4	32,2 %
1	Infections des voies respiratoires inférieures [61]	3.9	6,9 %	4.1	1
2	VIH / SIDA	2.8	4,9 %	0,7	7
3	Maladies diarrhéiques [62]	1.8	3,2 %	3.0	2
4	Tuberculose (TB)	1.6	2,7 %	2.7	3
5	Paludisme	1.3	2,2 %	2.0	4
6	Rougeole	0,6	1,1 %	1.1	5
7	Coqueluche	0,29	0,5 %	0,36	7
8	Tétanos	0,21	0,4 %	0,15	12
9	Méningite	0,17	0,3 %	0,25	8
dix	Syphilis	0,16	0,3 %	0,19	11
11	Hépatite B	0,10	0,2 %	0,93	6
12–17	Maladies tropicales (6) [63]	0,13	0,2 %	0,53	9, 10, 16–18
Remarque : Les autres causes de décès comprennent les affections maternelles et périnatales (5,2 %), les carences nutritionnelles (0,9 %), les affections non transmissibles (58,8 %) et les blessures (9,1 %).

Les trois principaux agents/agents tueurs de maladies sont le VIH / SIDA , la tuberculose et le paludisme . Alors que le nombre de décès dus à presque toutes les maladies a diminué, les décès dus au VIH/SIDA ont quadruplé. Les maladies infantiles comprennent la coqueluche , la poliomyélite , la diphtérie , la rougeole et le tétanos . Les enfants représentent également un pourcentage important des décès par voies respiratoires inférieures et par diarrhée. En 2012, environ 3,1 millions de personnes sont décédées des suites d’infections des voies respiratoires inférieures, ce qui en fait la quatrième cause de décès dans le monde. ^[64]

Pandémies historiques

La grande peste de Marseille en 1720 a tué 100 000 personnes dans la ville et les provinces environnantes

Avec leur potentiel d’impacts imprévisibles et explosifs, les maladies infectieuses ont été des acteurs majeurs de l’ histoire humaine . ^[65] Une pandémie (ou épidémie mondiale ) est une maladie qui affecte les personnes sur une vaste zone géographique. Par example:

• La peste de Justinien , de 541 à 542, a tué entre 50% et 60% de la population européenne. ^[66]
• La peste noire de 1347 à 1352 a tué 25 millions de personnes en Europe en 5 ans. La peste a réduit la population de l’ancien monde d’environ 450 millions à entre 350 et 375 millions au 14ème siècle.
• L’introduction de la variole , de la rougeole et du typhus dans les régions d’Amérique centrale et du Sud par les explorateurs européens au cours des XVe et XVIe siècles a provoqué des pandémies parmi les habitants indigènes. Entre 1518 et 1568, des pandémies de maladies auraient fait chuter la population du Mexique de 20 millions à 3 millions. ^[67]
• La première épidémie de grippe européenne s’est produite entre 1556 et 1560, avec un taux de mortalité estimé à 20 %. ^[67]
• La variole a tué environ 60 millions d’Européens au cours du 18e siècle ^[68] (environ 400 000 par an). ^[69] Jusqu’à 30 % des personnes infectées, dont 80 % des enfants de moins de 5 ans, sont mortes de la maladie et un tiers des survivants sont devenus aveugles. ^[70]
• Au 19ème siècle, la tuberculose a tué environ un quart de la population adulte d’Europe ; ^[71] en 1918, un décès sur six en France était encore causé par la tuberculose.
• La pandémie de grippe de 1918 (ou la grippe espagnole ) a tué 25 à 50 millions de personnes (environ 2 % de la population mondiale de 1,7 milliard). ^[72] Aujourd’hui, la grippe tue environ 250 000 à 500 000 dans le monde chaque année.

Maladies émergentes

Dans la plupart des cas, les micro-organismes vivent en harmonie avec leurs hôtes via des interactions mutuelles ou commensales . Des maladies peuvent apparaître lorsque des parasites existants deviennent pathogènes ou lorsque de nouveaux parasites pathogènes pénètrent dans un nouvel hôte.

1. La coévolution entre le Parasite et l’hôte peut conduire à ce que les hôtes deviennent résistants aux parasites ou les parasites peuvent développer une plus grande virulence , conduisant à une maladie immunopathologique .
2. L’activité humaine est impliquée dans de nombreuses maladies infectieuses émergentes , comme les changements environnementaux permettant à un Parasite d’occuper de nouvelles niches . Lorsque cela se produit, un agent pathogène qui avait été confiné à un habitat éloigné a une distribution plus large et peut-être un nouvel organisme hôte . Les parasites passant d’hôtes non humains à des hôtes humains sont connus sous le nom de zoonoses . Lors d’une invasion de maladies, lorsqu’un Parasite envahit une nouvelle espèce hôte, il peut devenir pathogène chez le nouvel hôte. ^[73]

Plusieurs activités humaines ont conduit à l’émergence d’ agents pathogènes humains zoonotiques , notamment des virus, des bactéries, des protozoaires et des rickettsies, ^[74] et à la propagation de maladies à transmission vectorielle , ^[73] voir aussi mondialisation et maladies et maladies de la faune :

• Empiètement sur les habitats fauniques . La construction de nouveaux villages et les lotissements dans les zones rurales obligent les animaux à vivre dans des populations denses, créant des opportunités pour les microbes de muter et d’émerger. ^[75]
• Changements dans l’agriculture . L’introduction de nouvelles cultures attire de nouveaux ravageurs des cultures et les microbes qu’ils transportent vers les communautés agricoles, exposant les gens à des maladies inconnues.
• La destruction des forêts tropicales . Au fur et à mesure que les pays utilisent leurs forêts tropicales, en construisant des routes à travers les forêts et en défrichant des zones pour la colonisation ou des entreprises commerciales, les gens rencontrent des insectes et d’autres animaux abritant des micro-organismes jusque-là inconnus.
• Urbanisation incontrôlée . La croissance rapide des villes dans de nombreux pays en développement a tendance à concentrer un grand nombre de personnes dans des zones surpeuplées où l’assainissement est médiocre. Ces conditions favorisent la transmission de maladies contagieuses.
• Transports modernes . Les navires et autres transporteurs de fret hébergent souvent des «passagers» involontaires, qui peuvent propager des maladies vers des destinations lointaines. Lors des voyages internationaux en avion à réaction, les personnes infectées par une maladie peuvent la transporter dans des pays lointains ou chez leur famille avant l’apparition de leurs premiers symptômes.

Théorie des germes de la maladie

Timbres-poste est- allemands représentant quatre microscopes antiques . Les progrès de la microscopie ont été essentiels à l’étude précoce des maladies infectieuses.

Dans l’ Antiquité , l’ historien grec Thucydide (vers 460 – vers 400 avant notre ère) fut le premier à écrire, dans son récit de la peste d’Athènes , que les maladies pouvaient se propager d’une personne infectée à d’autres. ^{[76] [77]} Dans son Sur les différents types de fièvre (vers 175 après JC), le médecin gréco-romain Galen a émis l’hypothèse que les pestes se propageaient par “certaines graines de peste”, qui étaient présentes dans l’air. ^[78] Dans la Sushruta Samhita , l’ancien médecin indien Sushrutathéorisé : « La lèpre, la fièvre, la phtisie, les maladies des yeux et d’autres maladies infectieuses se propagent d’une personne à l’autre par l’union sexuelle, le contact physique, le fait de manger ensemble, de dormir ensemble, de s’asseoir ensemble et l’utilisation des mêmes vêtements, guirlandes et pâtes .” ^{[79] [80]} Ce livre a été daté d’environ le sixième siècle avant JC. ^[81]

Une forme de base de la théorie de la contagion a été proposée par le médecin persan Ibn Sina (connu sous le nom d’Avicenne en Europe) dans Le Canon de la médecine (1025), qui est devenu plus tard le manuel médical le plus faisant autorité en Europe jusqu’au XVIe siècle. Dans le livre IV du Canon , Ibn Sina a discuté des épidémies , décrivant la théorie classique des miasmes et essayant de la mélanger avec sa propre théorie de la contagion précoce. Il a mentionné que les gens peuvent transmettre des maladies à d’autres par le souffle, a noté la contagion avec la tuberculose et a discuté de la transmission des maladies par l’eau et la saleté. ^[82] Le concept de contagion invisible a ensuite été discuté par plusieursLes érudits islamiques du sultanat ayyoubide les appelaient najasat (“substances impures”). Le savant du fiqh Ibn al-Haj al-Abdari (c. 1250-1336), tout en discutant du régime et de l’ hygiène islamiques , a donné des avertissements sur la façon dont la contagion peut contaminer l’eau, la nourriture et les vêtements, et pourrait se propager à travers l’approvisionnement en eau, et peut avoir contagion implicite pour être des particules invisibles. ^[83]

Lorsque la peste bubonique de la peste noire a atteint Al-Andalus au 14ème siècle, les médecins arabes Ibn Khatima (vers 1369) et Ibn al-Khatib (1313-1374) ont émis l’hypothèse que les maladies infectieuses étaient causées par des « corps minuscules » et ont décrit comment ils peut être transmise par les vêtements, les récipients et les boucles d’oreilles. ^[84] Les idées de contagion sont devenues plus populaires en Europe pendant la Renaissance , en particulier grâce aux écrits du médecin italien Girolamo Fracastoro . ^[85] Anton van Leeuwenhoek (1632–1723) a fait progresser la science de la microscopie en étant le premier à observer les micro-organismes, permettant une visualisation facile des bactéries.

Au milieu du XIXe siècle , John Snow et William Budd ont réalisé d’importants travaux démontrant la contagiosité de la typhoïde et du choléra par l’eau contaminée. Tous deux sont crédités de la diminution des épidémies de choléra dans leurs villes en mettant en œuvre des mesures pour prévenir la contamination de l’eau. ^[86] Louis Pasteur a prouvé hors de tout doute que certaines maladies sont causées par des agents infectieux et a mis au point un vaccin contre la rage . Robert Koch , a fourni à l’étude des maladies infectieuses une base scientifique connue sous le nom de postulats de Koch . Edward Jenner , Jonas Salk et Albert Sabin ont développé des vaccins efficaces pourla variole et la poliomyélite , qui entraîneront plus tard l’ éradication et la quasi-éradication de ces maladies, respectivement. Alexander Fleming a découvert le premier antibiotique au monde , la pénicilline , que Florey et Chain ont ensuite développé. Gerhard Domagk a développé les sulfamides , les premiers médicaments antibactériens synthétiques à large spectre .

Médecins spécialistes

Le traitement médical des maladies infectieuses relève du domaine médical des maladies infectieuses et, dans certains cas, l’étude de la propagation relève du domaine de l’ épidémiologie . Généralement, les infections sont initialement diagnostiquées par des médecins de premier recours ou des spécialistes en médecine interne . Par exemple, une pneumonie « non compliquée » sera généralement traitée par l’ interniste ou le pneumologue (médecin pulmonaire). Le travail de l’infectiologue implique donc de travailler à la fois avec des patients et des médecins généralistes, ainsi qu’avec des scientifiques de laboratoire ,immunologistes , bactériologistes et autres spécialistes.

Une équipe des maladies infectieuses peut être alertée lorsque :

• La maladie n’a pas été définitivement diagnostiquée après un bilan initial
• Le patient est immunodéprimé (par exemple, dans le SIDA ou après une chimiothérapie ) ;
• L’ agent infectieux est de nature peu commune (ex. maladies tropicales ) ;
• La maladie n’a pas répondu aux antibiotiques de première ligne ;
• La maladie peut être dangereuse pour d’autres patients et le patient peut devoir être isolé

Société et culture

Plusieurs études ont rapporté des associations entre la charge pathogène dans une zone et le comportement humain. Une charge pathogène plus élevée est associée à une diminution de la taille des groupes ethniques et religieux dans une région. Cela peut être dû à une charge pathogène élevée favorisant l’évitement d’autres groupes, ce qui peut réduire la transmission d’agents pathogènes, ou à une charge pathogène élevée empêchant la création de grandes colonies et d’armées qui imposent une culture commune. Une charge pathogène plus élevée est également associée à un comportement sexuel plus restreint, ce qui peut réduire la transmission des agents pathogènes. Il est également associé à des préférences plus élevées pour la santé et l’attractivité chez les partenaires. Des taux de fécondité plus élevés et des soins parentaux plus courts ou moins nombreux par enfant sont une autre association qui peut compenser le taux de mortalité plus élevé. Il y a aussi une association avec la polygyniece qui peut être dû à une charge pathogène plus élevée, ce qui rend la sélection de mâles à haute résistance génétique de plus en plus importante. Une charge pathogène plus élevée est également associée à plus de collectivisme et moins d’individualisme, ce qui peut limiter les contacts avec des groupes extérieurs et les infections. Il existe d’autres explications pour au moins certaines des associations, bien que certaines de ces explications puissent à leur tour être dues à la charge pathogène. Ainsi, la polygamie peut également être due à un ratio hommes/femmes plus faible dans ces régions, mais cela peut finalement être dû au fait que les nourrissons de sexe masculin ont une mortalité accrue due aux maladies infectieuses. Un autre exemple est que des facteurs socio-économiques médiocres peuvent finalement être en partie dus à une charge pathogène élevée empêchant le développement économique. ^[87]

Registre fossile

Crâne d’Herrerasaurus .

Les preuves d’infection dans les restes fossiles sont un sujet d’intérêt pour les paléopathologistes , des scientifiques qui étudient les occurrences de blessures et de maladies dans les formes de vie éteintes. Des signes d’infection ont été découverts dans les os de dinosaures carnivores. Lorsqu’elles sont présentes, cependant, ces infections semblent avoir tendance à se limiter à de petites régions du corps. Un crâne attribué au premier dinosaure carnivore Herrerasaurus ischigualastensis présente des plaies en forme de fosse entourées d’os enflés et poreux. La texture inhabituelle de l’os autour des blessures suggère qu’elles ont été affligées par une infection non mortelle de courte durée. Les scientifiques qui ont étudié le crâne ont émis l’hypothèse que les marques de morsure avaient été reçues lors d’un combat avec un autre Herrerasaurus. D’autres dinosaures carnivores avec des preuves documentées d’infection comprennent l’ Acrocanthosaurus , l’ Allosaurus , le Tyrannosaurus et un tyrannosaure de la Formation de Kirtland . Les infections des deux tyrannosaures ont été reçues en étant mordues lors d’un combat, comme le spécimen Herrerasaurus . ^[88]

Cosmos

Une expérience de la navette spatiale de 2006 a révélé que Salmonella typhimurium , une bactérie qui peut provoquer une intoxication alimentaire , devenait plus virulente lorsqu’elle était cultivée dans l’espace . ^[89] Le 29 avril 2013, des scientifiques du Rensselaer Polytechnic Institute , financé par la NASA , ont rapporté que, pendant les vols spatiaux sur la Station spatiale internationale , les microbes semblent s’adapter à l’ environnement spatial d’une manière «non observée sur Terre» et d’une manière qui “peut entraîner une augmentation de la croissance et de la virulence”. ^[90] Plus récemment, en 2017, des bactériesse sont avérés plus résistants aux antibiotiques et prospéraient dans la quasi-apesanteur de l’espace. ^[91] Des micro -organismes ont été observés pour survivre au vide de l’espace extra-atmosphérique. ^{[92] [93]}

Voir également

• Centres de ressources bioinformatiques pour les maladies infectieuses
• Danger biologique
• Maladie transmise par le sang
• Co-infection
• Consensus de Copenhague
• Cordon sanitaire
• Cartographie de la diffusion des maladies
• Transition épidémiologique
• Maladie d’origine alimentaire
• Thérapie génique
• Histoire de la médecine
• Infection nosocomiale
• Éradication des maladies infectieuses
• Projet de microbiome humain
• Contrôle d’infection
• Isolement (soins de santé)
• Liste du microbiote de la vaginose bactérienne
• Liste des causes de décès par taux
• Liste des maladies causées par les insectes
• Liste des épidémies
• Liste des maladies infectieuses
• Modélisation mathématique des maladies infectieuses
• Multiplicité d’infection
• Maladies tropicales négligées
• Surveillance sentinelle
• Distanciation sociale
• Modélisateur épidémiologique spatio-temporel (STEM)
• Infection par débordement
• Seuil de densité d’hôtes
• Transmission (médecine)
• Ubi pus, ibi evacua (latin : “là où il y a du pus , là évacuez-le”)
• Maladies évitables par la vaccination
• Maladies d’origine hydrique

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Liens externes

Wikimedia Commons a des médias liés aux maladies et troubles infectieux .

• Centre européen de prévention et de contrôle des maladies
• Centres américains de contrôle et de prévention des maladies ,
• Société américaine des maladies infectieuses (IDSA)
• Index des maladies infectieuses de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC)
• Centre de recherche sur les vaccins Informations sur les essais cliniques de recherche de vaccins pour les maladies infectieuses émergentes et réémergentes.
• Microbes & Infection (revue)
• Tableau : Décès mondiaux dus aux maladies transmissibles, 2010 – Canadian Broadcasting Corp.

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